Barock bis Säkularisation

  • 1620-22: Neugestaltung der Kirche nach Plänen der von Christoph Wamser: Erneuerung des Langhausobergadens mit großen zweibahnigen Maßwerkfenstern; Errichtung eines neuen Chores in gotisierenden Formen; ein durchgehendes Rautennetzgewölbe in Langhaus und Chor. Ornamentale Farbverglasung im Langhaus; farbige Glasgemälde des Heinrich Bruin in den Chorhauptfenstern (große Kreuzigungsdarstellung im Mittelfenster, Heilige und Stifterwappen in den seitlichen Fenstern). Neuer Außenputz und malerische Ausstattung des Inneren. Großplastiken des Salvator und der Maria Immaculata an den Westseiten des Triumphbogens und der Apostelfiguren an den Langhauspfeilern ( Umkreis des Jeremias Gesselbrunn. )

  • 1626: neuer, dem hl. Maurinus geweihter Hochaltar.

  • 1652: Schwalbennest-Orgel an der Südmauer des Mittelschiffs (heute auf dem Lettner)

  • 2. Hälfte des 17 Jh.: Erneuerung der Konventgebäude anlässlich der Übersiedlung des Erzbischofs und Kurfürsten Maximilian Heinrich von Bayern (1630-1688) in das Pantaleonskloster.

  • 1690: Verlegung des Theophanu-Grabes aus dem südlichen Annex in den Chorraum.

  • 1695/96: der Lettner wird nach Westen versetzt und als Orgelbühne zwischen Westwerk und Langhaus genutzt; dabei Veränderung unter Reduktion des Bestands. Die Krypta wird aufgegeben, der Boden des Chores abgesenkt.

  • 1747-1749: Barocke Innenausstattung und neuer, dem hl. Pantaleon geweihter Hochaltar.

  • 1757: Einsturz des südlichen Flankenturms am Westwerk.

  • 1766-1768: Der Mittelturm des Westwerks wird erneuert und mit barocker Haube versehen, die Seitentürme werden bis auf Stümpfe abgebrochen; ebenso das Obergeschoss des südlichen Westwerkflügels.

  • 1793: Die Kirche dient als Lazarett, dann als Pferdestall der französischen Besatzungstruppen.

  • 1802-04: Aufhebung des Klosters; St. Pantaleon wird katholische Pfarrkirche.